Mặc dù các cây cone gutte percha được sản xuất trong điều kiện vô trùng , nhưng chúng vấn có thể bị nhiễm khuẩn do khí dung, bảo quản không đúng cách và xử lý vật lý. các nghiên cứu đã tiết lộ sự hiện diện của vi sinh vật trong 5-19% các gói gutta percha mới mở. mặc dù số lượng vi sinh vật này khá thấp tại thời điểm đóng gói nhưng trên lâm sàng, các nha sĩ thường sử dụng các cây gutta percha ngay khi lấy ra khỏi hộp mà không nghĩ đến tính vô trùng của chúng. ngoài ra người ta cũng đã chứng minh rằng việc sử dụng thứ cone trong miệng còn làm tăng số lượng vi sinh vật gây nhiễm bẩn gutta percha